La visita a Chile, en 2018. Es considerada la peor de su pontificado. Recibió indiferencia y ataques, debido a la posición de la Iglesia con respecto a abusos sexuales cometidos por sacerdotes.
Escándalos de abuso sexual. Tal como sus antecesores en el cargo, al papa Francisco le tocó hacer frente a nuevos escándalos por hechos de abuso sexual en la Iglesia y recibió acusaciones de encubrimiento. Entre otros casos, lo acusaron de no investigar al cardenal canadiense Marc Ouellet, acusado de abuso.
Crisis con la Iglesia alemana. En 2021 la iglesia católica alemana anunció que creará un consejo sinodal, en 2026, que también estará integrado por laicos. El Vaticano lo ve como un intento de sustituir a la Conferencia Episcopal, y también como una amenaza de cisma.
Canal especial: 10 años del papa Francisco
Interna con el Opus Dei. Francisco degradó a la orden ultraconservadora Opus Dei, como parte de una serie de acciones para transparentar la Iglesia. Fue después de que 43 mujeres de países sudamericanos que trabajaron para la orden en el servicio doméstico denunciaran situaciones de trabajo esclavo y lavado de cerebro.
Problemas de salud. El papa enfrentó varios inconvenientes de salud, incluyendo problemas respiratorios, dolores de espalda y molestias en la rodilla. En julio de 2021, fue sometido a una cirugía por una estenosis diverticular en el colon, lo que lo obligó a cancelar varias apariciones públicas. En los últimos meses, se traslada en silla de ruedas.
Venezuela. En ocasiones, el papa fue criticado por no haber condenado las violaciones a derechos humanos en varios países. En 2016 recibió sorpresivamente al presidente venezolano Nicolás Maduro, y fue muy criticado por haber ayudado a legitimar a un gobierno autoritario.
Alquiler de cardenales. Este mes el pontífice decidió que los cardenales que residen en el Vaticano tendrán que pagar alquiler por sus departamentos, a precio de mercado, debido a la situación económica de la Iglesia. La medida provocó críticas variadas.
Joven desaparecida. Al papa Francisco le tocó decidir que se investigue qué sucedió con la adolescente de 15 años Emanuela Orlandi, desaparecida en el Vaticano en 1983. Era hija de un empleado de la Santa Sede y su destino continúa envuelto en fuertes rumores que involucran a exautoridades del Vaticano y órdenes religiosas.
Manotazo. En 2020 el papa fue muy criticado por haberle dado un fuerte golpe en la mano a una mujer que intentó retenerlo, mientras saludaba a un grupo de fieles en la Plaza de San Pedro. Francisco debió pedir disculpas por haber perdido la paciencia.
Enfrentamiento con los ultraconservadores. Desde su llegada al papado, Francisco libra una lucha contra los sectores más conservadores, que se oponen a la apertura hacia sectores como las personas divorciadas, los homosexuales, los curas casados y a la posibilidad de que se concedan más derechos a las mujeres en la Iglesia.
