Corría abril del 2020 y en el Instituto de Patología Vegetal dos investigadores intentaban desentrañar las características de un virus que había desembarcado hacía un mes en Córdoba.
Franco Fernández y Humberto Debat habían desempolvado un secuenciador en el laboratorio del Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (Inta), ubicado en el Camino a 60 cuadras de la Capital provincial.
El aparato desempolvado –que años atrás había sido utilizado para comprender mejor las bacterias que afectaban plantas y cultivos– ahora se usaba para estudiar el ARN del Sars-Cov-2. Las casi 30 mil letras que conforman su genoma.
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Es que no eran plantas las protagonistas de las noticias por aquel entonces, sino la pandemia de Covid-19. En Córdoba tenía lugar un brote en la localidad de Saldán, mientras que científicos de todo el mundo estudiaban a contrarreloj este virus por entonces desconocido.
Franco y Humberto comenzaron a poner a punto una técnica que más tarde les permitiría identificar los primeros genomas completos del virus en Córdoba. ¿Qué son los genomas? Ellos lo explican bien:
“De repente todo el mundo empezó a hablar sobre virus, inmunidad, ciencia. Con la familia o con amigos nos tocaba explicar qué estábamos investigando en el laboratorio. Y entonces se me ocurrió hacer un paralelismo con las canciones”, cuenta Franco.
La explicación resultó más que didáctica: así como las canciones están compuestas por notas musicales, los genomas están conformados por bases nucleotídicas.
“Todos los organismos vivos tienen una característica en común. Desde una bacteria, hasta una serpiente o un ser humano, todos tienen un genoma único construido con letras o bases nucleotídicas, que son como las notas musicales que conforman una canción”, explica.
La disposición de esas notas hacen que una chacarera sea chacarera, distinta a la ópera o al rock. De la misma manera, la ubicación de las letras o bases conforman la característica particular de cada organismo vivo.
Hay equipo
Hasta 2019, el famoso secuenciador se había usado para desentrañar características particulares de bacterias vegetales. El objetivo de algunos de los tantos grupos de investigación del Inta era y sigue siendo conocer mejor a los agentes que afectan cultivos. Pero al año siguiente comenzaron a conformarse equipos en todo el país para dar respuesta a esta crisis sanitaria sin precedentes.
El Ministerio de Salud provincial relevó cuáles eran las capacidades de los centros de investigación de Córdoba. Y ahí fue cuando los chicos pusieron el secuenciador a disposición. Al poco tiempo, comenzó a formarse el “Proyecto País”, un consorcio de laboratorios que vigilaría las distintas versiones del Sars-Cov-2. Mariana Viegas, directora del proyecto, convocó a estos investigadores para conformar el nodo Córdoba. El monitoreo era federal.
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“Pasamos de investigar bacterias vegetales a virus humanos. No lo hicimos de un día para el otro. Tuvimos que adaptar protocolos, sumar equipamiento y coordinar los tiempos. Todos los grupos del Inta aportaron lo que tenían. Incluso desarrollaron insumos con impresiones 3D para reducir los costos de los productos que se importaban. Al ser un virus mucho más lábil, teníamos que garantizar la cadena de frío”, recuerda Humberto.
El laboratorio recibía muestras inactivadas: fragmentos del virus que no tenían capacidad de infectar. Aun así, los recaudos fueron extremos.
“Al comienzo de la pandemia no se conocía mucho sobre el tema. Había una especie de paranoia generalizada. Nosotros estábamos hasta las siete de la tarde trabajando con muestras de coronavirus que causaban muertes en personas conocidas. Aunque muchas veces nos preguntamos en broma: ‘¿qué hacemos acá?’, siempre nos motivó la pasión por estudiar y aportar lo que sabíamos”, agrega Franco.
Origen en común
Al principio, el estudio de secuenciación genómica permitió establecer relaciones entre los primeros casos. Así se pudo determinar el origen en común de la mayoría de los infectados en Saldán.
En diciembre de 2020, la microbióloga Nathalie Marquez se sumó al equipo como rueda de auxilio para el trabajo en laboratorio. De pequeña quiso ser viróloga, cuando leyó un libro sobre un brote de ébola en África. Más tarde la vida la ponía en el momento y en el lugar donde tiempo atrás añoraba estar.
El equipo se completó con Franco, con su expertise en genómica y biología molecular. Y con Humberto, que ya venía trabajando con virus que afectaban a arañas, anfibios y moluscos, sumando su experiencia en bioinformática y evolución. La institución entera los apoyó.
La ruta de Manaos hasta Córdoba
En el primer semestre del 2021 aparecieron nuevas versiones del virus. El nodo Córdoba del Proyecto País detectó los primeros casos de Gamma en la provincia y ayudó a comprobar que la puerta de entrada de esta variante había sido Brasil. Llegó a secuenciar casi 500 muestras en toda la pandemia, sumadas a las 400 realizadas en la Fundación del Progreso de la Medicina. También se analizaron muestras de Salta, Jujuy y Tucumán.
Para esta altura ya se habían fortalecido los lazos con investigadores del Laboratorio Central y del Instituto de Virología de la Universidad Nacional de Córdoba, conformándose así tres pilares que siguieron de cerca la evolución de las variantes en la provincia.
“Para nosotros, que nos formamos en universidades públicas, fue una enorme satisfacción poder dar respuesta concreta a un problema de salud pública. Aportamos nuestros recursos para ayudar a desentrañar qué virus estaban circulando en cada momento y aportar nuestro grano de arena en la toma de decisiones. Estamos satisfechos porque recibimos un desafío y lo supimos enfrentar”, resume Franco.
Cuando aparecieron las variantes de preocupación, el estudio de genomas completos permitió conocer el origen de los virus, así como la puerta de entrada. Cuando apareció Delta, Córdoba ya había implementado una vigilancia a partir de PCR en tiempo real. Esta técnica también permitió detectar a tiempo Ómicron. Además, estos estudios dieron pie para otras investigaciones, como la de la efectividad de las vacunas frente a las nuevas variantes.
¿Y ahora?
A partir de la experiencia con el Sars-Cov-2, en el Inta se abrieron nuevas líneas de investigación que utilizan la misma tecnología de secuenciación. Una de ellas se propone indagar las bacterias benéficas que forman parte de la microbiota de especies nativas, como el algarrobo. Y otras que intentan conocer mejor los agentes que afectan cultivos de trigo, maíz y porotos.
En cuanto al Proyecto País, “la intención es seguir adelante”, sostienen los investigadores. “Esperemos que más temprano que tarde, esta pandemia se acabe. Y cuando nos sentemos a decantar todo lo que hemos vivido, tal vez valoremos nuestras posibilidades. Saber que cuando venga un próximo desafío, lo podremos enfrentar”.
